Ny kunskap från små mängder sparade vävnadsprover
2021-09-30
Forskare vid IGP har utvecklat en ny metod för att studera modifieringar av arvsmassan i mycket små mängder sparade vävnadsprover. Metoden kan användas för att öka kunskapen om epigenetiska förändringar vid cancer och andra sjukdomar och har nyligen beskrivits i tidskriften Nucleic Acids Research.
Epigenetiska förändringar av arvsmassan innebär att DNA:t modifieras kemiskt utan att själva DNA-sekvensen ändras. En vanlig epigenetisk förändring är modifiering av histoner, de proteiner som binder till DNA, vilket kan reglera om gener är aktiva eller inte.
För att studera histon-modifiering och genreglering vid olika sjukdomar kan forskarna använda vävnadsmaterial som har sparats i så kallade paraffinklossar. Men mängden vävnad i paraffinklossar är begränsad så det är angeläget att kunna göra analyserna på så små provmängder som möjligt. Med den metod som IGP-forskarna har utvecklat kan analyserna göras i prover som innehåller så lite som 4 000 celler.
– Vår metod som kallas FACT-seq är den första som med hög känslighet kan få fram en bild av histon-modifieringen i små mängder vävnadsmaterial från paraffinklossar. Analyserna kunde göras på vävnadssnitt som bara var en hundradels millimeter tjocka, säger Xingqi Chen som har lett studien där flera forskargrupper vid IGP har medverkat.
Med FATC-seq kunde forskarna identifiera både histon-modifieringar som resulterade i aktivering av gener och sådana som slog av genaktiviteten. Metoden kunde också avslöja sjukdomsspecifik genreglering i mycket små mängder sparat provmaterial av hjärntumörer och tjock- och ändtarmscancer från människa.
– Vi tror att FACT-seq kan bli ett effektivt verktyg för att hjälpa forskare att förstå epigenetiska förändringar vid cancer och andra sjukdomar hos människa, säger Xingqi Chen.
Mer information:
Artikel i Nucleic Acids Research
Xingqi Chens forskning
Tobias Sjöbloms forskning
Fredrik Swartlings forskning
Lene Uhrboms forskning
-
Sällsynta genetiska varianter inte huvudsakliga orsaken till folksjukdomar
2022-05-13
Även om vissa sällsynta varianter kan öka sjukdomsrisken markant för ett fåtal individer, beror den största delen av det genetiska bidraget till folksjukdomar på en kombination av många vanliga genetiska varianter med små effekter. Det visar forskare vid IGP och andra institutioner vid Uppsala universitet i en ny omfattande studie som publiceras i tidskriften Nature Communications.
-
Undergrupper av hjärntumörer kan kopplas till ursprungsceller och sjukdomsprognos
2022-04-25
Forskare vid IGP har påvisat olika undergrupper av hjärntumörformen glioblastom, där cancercellernas egenskaper beror på vilken celltyp som cancern har uppstått från. Den analysmetod som användes kunde också separera glioblastompatienter med signifikant skillnad i överlevnad. Fynden öppnar för att identifiera specifika terapeutiska mål för de nya undergrupperna av glioblastom.
-
CAR-T-celler beväpnas för att bättre bekämpa cancer
2022-04-04
Immunterapi håller på att bli en framgångsrik metod för att behandla cancer. Forskare vid IGP har nu utvecklat beväpnade CAR-T-celler som förstärker immunförsvaret mot cancerceller och som kan förbättra möjligheterna att behandla solida tumörer. Studien har publicerats i tidskriften Nature BioMedical Engineering.
-
Inflammation och nätliknande proteinstrukturer vid kavernöst angiom
2022-03-28
Vid sjukdomen kavernöst angiom uppstår missbildade blodkärl i hjärnan, ryggmärgen eller ögats näthinna. Nu visar forskare vid IGP i en ny studie att vita blodkroppar och proteinstrukturer som är kopplade till immunsvaret ansamlas i anslutning till de missbildade kärlen. Fynden stöder att inflammation har betydelse för utvecklingen av kavernöst angiom och visar på möjligheten att ta fram en biomarkör för sjukdomen.
-
Proteinlandskapet på cancerceller kartläggs med ny teknik
2022-03-03
På senare år har det gjorts stora framsteg i utvecklingen av nya framgångsrika immunterapier för att behandla cancer. Två typer av målriktade immunterapier som har revolutionerat delar av cancervården är så kallad CAR-T-cellbehandling och behandling med antikroppar. Men än kvarstår stora utmaningar med att identifiera vilka proteiner på cancercellers yta som fungerar som mål för immunterapier. Mattias Belting, professor vid Lunds universitet och överläkare på Skånes universitetssjukhus samt gästprofessor vid IGP, är på god väg och nu publiceras gruppens rön i tidskriften PNAS.
-
CRISPR-Cas9 kan ge oväntade mutationer som ärvs till nästa generation
2022-02-03
Gensaxen CRISPR-Cas9 öppnar nya möjligheter att bota sjukdomar, men behandlingarna måste vara säkra. I en ny studie upptäcktes att metoden kan ge upphov till oförutsedda förändringar av dna som ärvs till nästa generation. Forskarna bakom studien uppmanar till försiktighet och noggrann validering vid användning av CRISPR-Cas9 för medicinska syften.
-
Ny metod för att studera DNA i sparade vävnadsprover
2022-01-19
Forskare vid IGP har utvecklat en metod som kan användas för att studera DNA-mönster i sparade vävnadsprover. Med den nya metoden kan forskare få en bättre förståelse för hur geners aktivitet regleras i cancer och individanpassad medicin.
-
Nya gener kopplade till återfall vid akut myeloisk leukemi
2022-01-13
Vid blodcancerformen akut myeloisk leukemi är det vanligt att patienterna drabbas av återfall en tid efter avslutad behandling. Forskare från IGP har i en ny studie identifierat gener som verkar kunna kopplas till risken för återfall. Fynden kan på sikt ligga till grund för nya behandlingsstrategier och bidra till bättre överlevnad för patienter med akut myeloisk leukemi.