Ny kunskap från små mängder sparade vävnadsprover

2021-09-30

Forskare vid IGP har utvecklat en ny metod för att studera modifieringar av arvsmassan i mycket små mängder sparade vävnadsprover. Metoden kan användas för att öka kunskapen om epigenetiska förändringar vid cancer och andra sjukdomar och har nyligen beskrivits i tidskriften Nucleic Acids Research.

Epigenetiska förändringar av arvsmassan innebär att DNA:t modifieras kemiskt utan att själva DNA-sekvensen ändras. En vanlig epigenetisk förändring är modifiering av histoner, de proteiner som binder till DNA, vilket kan reglera om gener är aktiva eller inte.

För att studera histon-modifiering och genreglering vid olika sjukdomar kan forskarna använda vävnadsmaterial som har sparats i så kallade paraffinklossar. Men mängden vävnad i paraffinklossar är begränsad så det är angeläget att kunna göra analyserna på så små provmängder som möjligt. Med den metod som IGP-forskarna har utvecklat kan analyserna göras i prover som innehåller så lite som 4 000 celler.

– Vår metod som kallas FACT-seq är den första som med hög känslighet kan få fram en bild av histon-modifieringen i små mängder vävnadsmaterial från paraffinklossar. Analyserna kunde göras på vävnadssnitt som bara var en hundradels millimeter tjocka, säger Xingqi Chen som har lett studien där flera forskargrupper vid IGP har medverkat.

Med FATC-seq kunde forskarna identifiera både histon-modifieringar som resulterade i aktivering av gener och sådana som slog av genaktiviteten. Metoden kunde också avslöja sjukdomsspecifik genreglering i mycket små mängder sparat provmaterial av hjärntumörer och tjock- och ändtarmscancer från människa.

– Vi tror att FACT-seq kan bli ett effektivt verktyg för att hjälpa forskare att förstå epigenetiska förändringar vid cancer och andra sjukdomar hos människa, säger Xingqi Chen.

Mer information:
Artikel i Nucleic Acids Research
Xingqi Chens forskning
Tobias Sjöbloms forskning
Fredrik Swartlings forskning
Lene Uhrboms forskning