Ny metod för att studera DNA i sparade vävnadsprover
2022-01-19
Forskare vid IGP har utvecklat en metod som kan användas för att studera DNA-mönster i sparade vävnadsprover. Med den nya metoden kan forskare få en bättre förståelse för hur geners aktivitet regleras i cancer och individanpassad medicin.
I människans celler är DNA:t upplindat på proteiner och bildar ett komplex som kallas kromatin. I de delar av kromatinet där DNA inte är så hårt lindat finns aktiva gener, det vill säga gener som kan läsas av för att bilda proteiner. För att studera sjukdomar hos människa är det angeläget att kunna ta reda på i vilka delar av kromatinet generna är tillgängliga för avläsning.
Forskare har seden tidigare tagit fram en metod som kallas ATAC-seq som kan användas för att studera vilka delar av kromatinet som är tillgängligt. I den nya studien har IGP-forskarna vidareutvecklat ATAC-seq-metoden så att den kan användas på formalinfixerat vävnadsmaterial i paraffinklossar.
– Vävnadsprover sparas ofta genom att de behandlas med kemikalien formalin och sedan bäddas de in i paraffin. Det finns väldigt många sådana prover som forskare skulle kunna studera men formalinbehandlingen gör att DNA:t i vävnaderna skadas. I sådana fall fungerar inte ATAC-seq-metoden optimalt. Vi har nu justerat standardmetoden av ATAC-seq till den nya metoden FFPE-ATAC som kan användas på formalinfixerat material i paraffinklossar, säger Xingqi Chen, som har lett studien.
Med FFPE-ATAC kunde forskarna få fram samma mönster av tillgängligt kromatin som när de utgick från frysta vävnadsprover. De såg också att metoden var tillräckligt känslig för att undersöka tillgängligt kromatin i prover som innehöll så lite som 500 cellkärnor från enstaka snitt av formalinfixerade paraffinklossar.
– Vi undersökte också formalinfixerade paraffinklossar med patientprover från tjock- och ändtarmscancer som förvarats i upp till tio år och kunde få fram ett kromatinmönster som kunde kopplas till sjukdomen. Det visar att den nya FFPE-ATAC-metoden kan vara ett viktigt verktyg i prekliniska studier och forskning som kan leda till individuellt anpassad behandling, säger Xingqi Chen.
I studien som har publicerats i tidskriften Genome Research medverkade flera forskargrupper vid IGP.
Mer information:
Artikel i Genome Research
Xingqi Chens forskning
Fredrik Swartlings forskning
Tobias Sjöbloms forskning
-
Ny metod hjälper immunceller att angripa hjärntumörer
2023-05-12
Forskare vid IGP har tagit fram en metod som underlättar för immunceller att ta sig ut från blodkärlen in i tumörer och där känna igen och döda cancerceller. Målet är att förbättra möjligheterna att behandla allvarliga hjärntumörer. Studien har publicerats i tidskriften Cancer Cell.
-
Arvsmassa från 240 däggdjur förklarar sjukdomsrisker hos människor
2023-05-05
I ett samarbete mellan Uppsala universitet och Broad Institute har över 30 forskargrupper kartlagt och analyserat arvsmassan hos 240 däggdjur. Resultaten, som publicerats i 11 artiklar i tidskriften Science, visar bland annat på mutationer som kan orsaka sjukdom. Karin Forsberg Nilsson och Ananya Roy från IGP har medverkat i en av artiklarna och identifierat mutationer som kan kopplas till cancertypen medulloblastom.
-
Proteinet IRAK3 påverkar behandlingssvaret vid cancerimmunterapi
2023-05-05
En ny studie av forskare vid IGP visar att proteinet IRAK3 gör att immunterapi mot cancer får sämre effekt. Ett sätt att förbättra behandlingssvaret skulle kunna vara att minska mängden IRAK3 med läkemedel mot proteinet.
-
Ökad risk för testikelcancer vid neuropsykiatriska diagnoser
2023-04-25
En ny studie från forskare vid IGP visar att män som har en neuropsykiatrisk funktionsnedsättning, till exempel autism och ADHD, också har en något ökad risk att drabbas av testikelcancerformen seminom.
-
En av Vasas besättningsmän var en kvinna
2023-04-06
När kvarlevorna efter människor som fanns ombord på skeppet Vasa undersöktes kom man fram till att alla var män. Nu visar ny forskning att ett av skeletteten tillhör en kvinna.
-
Kombination av immunceller kan ge tydligare prognos
2023-01-31
Med en ny prognosmetod för bland annat tjocktarmscancer kan man ge en tydligare sjukdomsprognos och även förutspå vilka patienter som kommer svara bäst på immunterapi. Metoden består av en kombination av två sorters immunceller som kännetecknar vissa cancerformer. Det här visar en ny studie av forskare vid IGP, som nu publiceras i tidskriften eBioMedicine.
-
Nyupptäckt celltyp samverkar med immunceller vid lymfkärlsmissbildningar
2023-01-23
Forskare vid IGP har upptäckt en ny undergrupp av celler i lymfkärlen som samverkar med immunceller vid uppkomsten av lymfkärlsmissbildningar. Denna nyupptäckta koppling mellan immunsystemet och lymfkärlssystemet skulle kunna användas för att behandla sjukdomar med missbildade lymfkärl.
-
Proteinet Yes reglerar läckage från blodkärl till omgivande vävnader
2022-12-19
Forskare vid IGP har identifierat ett protein som har en avgörande betydelse för att reglera läckage från blodkärl. Dess roll för att kontrollera cell-cellkontakter utmanar tidigare kunskap och öppnar upp för framtida utveckling av läkemedel vid sjukdomar med blodkärlsläckage och svullna vävnader.
-
Y-kromosomförlust ökar mäns risk för allvarlig covid-19
2022-12-15
Män har en ökad risk att drabbats av svår covid-19 jämfört med kvinnor. Forskare vid IGP har nu visat att det kan bero på förlust av Y-kromosomen i en del av deras vita blodkroppar. Fynden skulle på sikt kunna användas till att bedöma risken att utveckla allvarlig covid-19 och kanske även till förbättrad behandling.
-
Stamcellsprotein styr återfall av barnhjärntumörer
2022-10-28
Den elakartade hjärntumören medulloblastom kan bli resistent mot behandling vilket gör att patienter drabbas av återfall. Forskare vid IGP har identifierat ett särskilt stamcellsprotein som bland annat gör vissa tumörceller vilande och okänsliga för strålning. Forskargruppen hoppas att resultaten på sikt kan leda till bättre behandling för de barn som har störst risk för återfall.
-
Hudens pigmentceller skyddar effektivt mot solstrålning och genetiska skador
2022-10-24
Någon enstaka period med solstrålning eller strålbehandling av huden ger troligen minimal risk för hudcancer. Det antyds i en studie från IGP där forskarna visat att celler i huden som producerar pigment vid bestrålning kan tolerera långvarig exponering av genetiska skador genom att växla mellan olika mognadsgrad.
-
Nytt verktyg kan användas under läkemedelsutveckling och i kliniken
2022-10-19
Forskare vid IGP har utvecklat ett nytt verktyg för att visualisera var läkemedel binder till mänskliga proteiner. Den mycket känsliga tekniken kan användas för att söka efter substanser som specifikt binder till vissa målproteiner. Den skulle kunna användas under läkemedelsutveckling eller för bestämma vilka läkemedel som passar bäst, innan man väljer behandling.
-
Utbredda störningar av ämnesomsättningen i olika organ vid typ 2-diabetes
2022-10-07
Med hjälp av banbrytande teknik har forskare vid IGP påvisat större störningar av ämnesomsättningen hos patienter med typ 2-diabetes och prediabetes än som tidigare varit känt. Störningarna skiljde sig åt mellan olika organ och stadium av sjukdomen. Studien är ett samarbete med bland annat Köpenhamns universitet och AstraZeneca och har publicerats i tidskriften Cell Reports Medicine.
-
Genetisk bakgrund kan kopplas till fysiskt aktiv livsstil
2022-09-08
Forskare vid IGP har i en stor internationell studie identifierat dna-regioner som kan kopplas till fysisk aktivitet respektive skärmtid på fritiden. Fynden bekräftar att fysisk aktivitet har gynnsamma effekter på hälsan och antyder att en mer stillasittande livsstil kan bero på hur musklerna reagerar på träning.
-
Blodförtunnande läkemedel kan hjälpa CCM-patienter
2022-08-23
Blodkoagulering och uppkomsten av blodproppar har betydelse för sjukdomen kavernöst angiom, CCM. Därför kan behandling med blodförtunnande läkemedel vara till nytta för patienter. Det visar en ny studie gjord av forskare vid IGP.
-
Y-kromosomförlust orsakar hjärtsvikt och död i hjärt-kärlsjukdom
2022-07-14
Förlust av Y-kromosomen i vita blodkroppar hos män är kopplat till sjukdom och död, men något tydligt orsakssamband har tidigare inte varit känt. I en studie som publiceras i tidskriften Science visar forskare vid IGP att förlust av Y-kromosomen i de vita blodkropparna leder till fibros i hjärtat, försämrad hjärtfunktion och ökad dödlighet vid hjärt-kärlsjukdom hos män.
-
Lovande alternativ metod för känslig proteinanalys
2022-07-08
Forskare vid IGP har utvecklat en ny metod att detektera proteiner med hög specificitet och känslighet som skulle kunna användas i framtiden för diagnostiska analyser av patientprover.
-
P-piller och hormonbehandling ökar risken för stroke
2022-06-27
En ny studie från IGP visar att p-piller och även hormonbehandling vid klimakteriet ökar risken för stroke. Den ökade risken är störst under det första året av behandlingen och minskar sedan. Studien, som nu publiceras i Stroke, bygger på data från över en kvarts miljon kvinnor ur databasen UK Biobank.
-
Sällsynta genetiska varianter inte huvudsakliga orsaken till folksjukdomar
2022-05-13
Även om vissa sällsynta varianter kan öka sjukdomsrisken markant för ett fåtal individer, beror den största delen av det genetiska bidraget till folksjukdomar på en kombination av många vanliga genetiska varianter med små effekter. Det visar forskare vid IGP och andra institutioner vid Uppsala universitet i en ny omfattande studie som publiceras i tidskriften Nature Communications.
-
Undergrupper av hjärntumörer kan kopplas till ursprungsceller och sjukdomsprognos
2022-04-25
Forskare vid IGP har påvisat olika undergrupper av hjärntumörformen glioblastom, där cancercellernas egenskaper beror på vilken celltyp som cancern har uppstått från. Den analysmetod som användes kunde också separera glioblastompatienter med signifikant skillnad i överlevnad. Fynden öppnar för att identifiera specifika terapeutiska mål för de nya undergrupperna av glioblastom.
-
CAR-T-celler beväpnas för att bättre bekämpa cancer
2022-04-04
Immunterapi håller på att bli en framgångsrik metod för att behandla cancer. Forskare vid IGP har nu utvecklat beväpnade CAR-T-celler som förstärker immunförsvaret mot cancerceller och som kan förbättra möjligheterna att behandla solida tumörer. Studien har publicerats i tidskriften Nature BioMedical Engineering.
-
Inflammation och nätliknande proteinstrukturer vid kavernöst angiom
2022-03-28
Vid sjukdomen kavernöst angiom uppstår missbildade blodkärl i hjärnan, ryggmärgen eller ögats näthinna. Nu visar forskare vid IGP i en ny studie att vita blodkroppar och proteinstrukturer som är kopplade till immunsvaret ansamlas i anslutning till de missbildade kärlen. Fynden stöder att inflammation har betydelse för utvecklingen av kavernöst angiom och visar på möjligheten att ta fram en biomarkör för sjukdomen.
-
Proteinlandskapet på cancerceller kartläggs med ny teknik
2022-03-03
På senare år har det gjorts stora framsteg i utvecklingen av nya framgångsrika immunterapier för att behandla cancer. Två typer av målriktade immunterapier som har revolutionerat delar av cancervården är så kallad CAR-T-cellbehandling och behandling med antikroppar. Men än kvarstår stora utmaningar med att identifiera vilka proteiner på cancercellers yta som fungerar som mål för immunterapier. Mattias Belting, professor vid Lunds universitet och överläkare på Skånes universitetssjukhus samt gästprofessor vid IGP, är på god väg och nu publiceras gruppens rön i tidskriften PNAS.
-
CRISPR-Cas9 kan ge oväntade mutationer som ärvs till nästa generation
2022-02-03
Gensaxen CRISPR-Cas9 öppnar nya möjligheter att bota sjukdomar, men behandlingarna måste vara säkra. I en ny studie upptäcktes att metoden kan ge upphov till oförutsedda förändringar av dna som ärvs till nästa generation. Forskarna bakom studien uppmanar till försiktighet och noggrann validering vid användning av CRISPR-Cas9 för medicinska syften.
-
Ny metod för att studera DNA i sparade vävnadsprover
2022-01-19
Forskare vid IGP har utvecklat en metod som kan användas för att studera DNA-mönster i sparade vävnadsprover. Med den nya metoden kan forskare få en bättre förståelse för hur geners aktivitet regleras i cancer och individanpassad medicin.
-
Nya gener kopplade till återfall vid akut myeloisk leukemi
2022-01-13
Vid blodcancerformen akut myeloisk leukemi är det vanligt att patienterna drabbas av återfall en tid efter avslutad behandling. Forskare från IGP har i en ny studie identifierat gener som verkar kunna kopplas till risken för återfall. Fynden kan på sikt ligga till grund för nya behandlingsstrategier och bidra till bättre överlevnad för patienter med akut myeloisk leukemi.