Ny metod för att studera DNA i sparade vävnadsprover

2022-01-19

Forskare vid IGP har utvecklat en metod som kan användas för att studera DNA-mönster i sparade vävnadsprover. Med den nya metoden kan forskare få en bättre förståelse för hur geners aktivitet regleras i cancer och individanpassad medicin.

I människans celler är DNA:t upplindat på proteiner och bildar ett komplex som kallas kromatin. I de delar av kromatinet där DNA inte är så hårt lindat finns aktiva gener, det vill säga gener som kan läsas av för att bilda proteiner. För att studera sjukdomar hos människa är det angeläget att kunna ta reda på i vilka delar av kromatinet generna är tillgängliga för avläsning.

Forskare har seden tidigare tagit fram en metod som kallas ATAC-seq som kan användas för att studera vilka delar av kromatinet som är tillgängligt. I den nya studien har IGP-forskarna vidareutvecklat ATAC-seq-metoden så att den kan användas på formalinfixerat vävnadsmaterial i paraffinklossar.

– Vävnadsprover sparas ofta genom att de behandlas med kemikalien formalin och sedan bäddas de in i paraffin. Det finns väldigt många sådana prover som forskare skulle kunna studera men formalinbehandlingen gör att DNA:t i vävnaderna skadas. I sådana fall fungerar inte ATAC-seq-metoden optimalt. Vi har nu justerat standardmetoden av ATAC-seq till den nya metoden FFPE-ATAC som kan användas på formalinfixerat material i paraffinklossar, säger Xingqi Chen, som har lett studien.

Med FFPE-ATAC kunde forskarna få fram samma mönster av tillgängligt kromatin som när de utgick från frysta vävnadsprover. De såg också att metoden var tillräckligt känslig för att undersöka tillgängligt kromatin i prover som innehöll så lite som 500 cellkärnor från enstaka snitt av formalinfixerade paraffinklossar.

– Vi undersökte också formalinfixerade paraffinklossar med patientprover från tjock- och ändtarmscancer som förvarats i upp till tio år och kunde få fram ett kromatinmönster som kunde kopplas till sjukdomen. Det visar att den nya FFPE-ATAC-metoden kan vara ett viktigt verktyg i prekliniska studier och forskning som kan leda till individuellt anpassad behandling, säger Xingqi Chen.

I studien som har publicerats i tidskriften Genome Research medverkade flera forskargrupper vid IGP.

Mer information:
Artikel i Genome Research
Xingqi Chens forskning
Fredrik Swartlings forskning
Tobias Sjöbloms forskning

Senast uppdaterad: 2022-01-26