Claes Wadelius – Genreglering på genomnivå

Principen för hur en gen slås av eller på är relativt välkänd men när man tittar på hela arvsmassan, genomet, är kunskapen om genernas reglering mycket begränsad. I varje celltyp finns en unik uppsättning aktiva gener. Deras aktivitet kontrolleras av några av de cirka 2000 proteiner som genom att binda till DNAt kan styra om en gen ska var aktiv eller inaktiv.

Vi använder en ny metod, ChIP (för Chromatin Immunoprecipitation), för att identifiera DNA-bindande proteiner och de områden i DNAt som proteinerna binder till. För att undersöka de identifierade DNA-områdena använder vi en effektiv sekvenseringsteknik, så kallad massive parallel
equencing, vilket gör att analyserna kan göras på hela
genomet.

Den här typen av storskaliga analyser har gjort att den traditionella synen på genernas organisation, med en början och slut, fått ändras. Istället verkar det som att det finns flera olika områden som styr en gens aktivitet, till exempel om den ska vara av- eller påslagen i olika vävnader.

Analyserna genererar stora mängder data och för att kunna ta tillvara denna utvecklar vi nya strategier för bioinformatik och samarbetar med specialister i fältet. Våra metoder kan avslöja mekanismerna bakom cancer och andra sjukdomar. Vi har börjat använda dem på lever- och immunceller och vi har hittat hundratals regleringsvarianter som skulle kunna förklara sambandet med vanliga metaboliska och autoimmuna sjukdomar. Vi har också karaktäriserat ett stort antal regulatoriska varianter som sannolikt bidrar till cancer.

Läs mer om vår forskning (endast på engelska)