Human Protein Atlas-projektet

Human Protein Atlas-projektet startades 2003 i syfte att systematiskt utforska människans samtliga proteiner på cell-, vävnads- och organnivå. För att lyckas med detta, används en strategi med integrerad omik, vilket inkluderar antikroppsbaserad vävnadsproteomik, transkriptomik, masspektrometri-baserad proteomik och systembiologi. All data finns fritt tillgänglig online på projektets databas och kunskapssida (www.proteinatlas.org) för att möjliggöra för forskare inom akademin och företag, samt allmänheten, att utforska det humana proteomet. Databasen utgör en viktig startpunkt för identifiering av vävnads- och cellspecifika uttrycksmönster, samt för analys av kandidatproteiner som misstänks vara kopplade till hälsa och sjukdom. 

Human Protein Atlas består av sex olika delar, sub-atlas, där varje sub-atlas är specialiserade på specifika aspekter av den omfattande analysen av det mänskliga proteomet.
 

  • Tissue Atlas - fördelning av majoriteten av människans proteiner i samtliga vävnader och organ i kroppen.
     
  • Cell Atlas - subcellulär lokalitet för proteiner i enskilda celler.
     
  • Pathology Atlas - påverkan av proteinernas nivåer på överlevnad för cancerpatienter.
     
  • Brain Atlas - utforskning av proteinuttryck i däggdjurs-hjärnan genom integration av data från tre däggdjur (människa, gris och mus).
     
  • Blood Atlas - uttrycksnivåer av proteiner hos människoblodets olika celltyper, samt distribution av de proteiner som utsöndras från olika celltyper i kroppen.
     
  • Metabolic Atlas - En kombination av data om metaboliska nätverk från metabolicatlas.org och mRNA-uttrycksdata för gener associerade med metabolism. 

Human Protein Atlas-projektet är ett samarbete mellan de svenska universiten Kungliga Tekniska högskolan (KTH), Uppsala universitet, Akademiska sjukhuset i Uppsala, Karolinska Institutet, Chalmers tekniska högskola, samt den nationella infrastrukturen SciLifeLab.

Uppsala-gruppen, vid institutionen för Immunologi, Genetik och Patologi på Rudbecklaboratoriet, har huvudansvar för att generera antikroppsbaserat proteindata till Tissue Atlas och Pathology Atlas.

Läs mer: