Human Protein Atlas-projektet

Human Protein Atlas-projektet startades 2003 i syfte att systematiskt utforska människans samtliga proteiner på cell-, vävnads- och organnivå. För att lyckas med detta, används en strategi med integrerad omik, vilket inkluderar antikroppsbaserad vävnadsproteomik, transkriptomik, masspektrometri-baserad proteomik och systembiologi. All data finns fritt tillgänglig online på projektets databas och kunskapssida (www.proteinatlas.org) för att möjliggöra för forskare inom akademin och företag, samt allmänheten, att utforska det humana proteomet. Databasen utgör en viktig startpunkt för identifiering av vävnads- och cellspecifika uttrycksmönster, samt för analys av kandidatproteiner som misstänks vara kopplade till hälsa och sjukdom. 

Human Protein Atlas består av sex olika delar, sub-atlas, där varje sub-atlas är specialiserade på specifika aspekter av den omfattande analysen av det mänskliga proteomet. De sex olika sub-atlas inbegriper:
 

  • Tissue Atlas - fördelning av majoriteten av människans proteiner i samtliga vävnader och organ i kroppen.
     
  • Single Cell Type Atlas - uttrycksnivåer av proteiner i människans olika celltyper.
     
  • Pathology Atlas - påverkan av proteinernas nivåer på överlevnad för cancerpatienter.
     
  • Brain Atlas - utforskning av proteinuttryck i däggdjurs-hjärnan genom integration av data från tre däggdjur (människa, gris och mus).
     
  • Blood Atlas - uttrycksnivåer av proteiner hos människoblodets olika celltyper, samt distribution av de proteiner som utsöndras från olika celltyper i kroppen.
     
  • Cell Atlas - subcellulär lokalisation för proteiner i enskilda celler. 

Human Protein Atlas-projektet är ett samarbete mellan de svenska universiteten Kungliga Tekniska högskolan (KTH), Uppsala universitet, Akademiska sjukhuset i Uppsala, Karolinska Institutet, Chalmers tekniska högskola, samt den nationella infrastrukturen SciLifeLab.

Uppsala-gruppen, vid institutionen för Immunologi, Genetik och Patologi på Rudbecklaboratoriet, har huvudansvar för att generera antikroppsbaserat proteindata till Tissue Atlas och Pathology Atlas. Uppsala-gruppen är även delaktig i Human Uterus Cell Atlas (HUTER)-konsortiet (https://huter-hca.eu/project/), som är en del av det internationella projektet Human Cell Atlas (https://www.humancellatlas.org/). HUTER är ett samarbete med forskargrupper från Spanien, Storbritannien och Estland, och har som mål att skapa en visuell karta över livmoderns alla celler hos människan vid de olika faserna av menstruationscykeln och de olika perioderna i en kvinnas liv.

Läs mer i länkarna nedan:

Senast uppdaterad: 2021-03-23