Uppsala-gruppens organisation

Dr. Cecilia Lindskog Bergström     Verksamhetsansvarig och platschef
Prof. Fredrik Pontén                      Kliniskt ansvarig
Jonas Gustavsson                         Projektsamordnare

Kartläggning av proteinuttryck i vävnad

Verksamhetsansvarig: Dr. Cecilia Lindskog Bergström

Personal:
Anna Maria Clementz (forskningsingenjör), Dr. Andreas Digre (forskningsingenjör), Dr. Åsa Edvinsson (postdoktor), Jonas Gustavsson (projektsamordnare), Neda Hekmati (forskningsingenjör), Borbala Katona (forskningsingenjör), Dennis Kesti (biomedicinsk analytiker), Emil Lindström (forskningsingenjör), Dr. Loren Méar (postdoktor), Feria Hikmet Noraddin (doktorand), Leo Nore (forskningsingenjör), IngMarie Olsson (forskningsingenjör), Rutger Schutten (forskningsingenjör), Jimmy Vuu (forskningsingenjör), Fredrika Hagberg (assistent), Jacob Wakter (biomedicinsk analytiker-student)

Arbetsuppgifter:
Tillverkning av antikroppsbaserad proteindata för Tissue Atlas och Pathology Atlas:

  • Hantering och behandling av vävnader (biobanksmaterial).
  • Hantering och förvaring av antiserum.
  • Testning av antikroppar.
  • Immunhistokemisk färgning av vävnader med godkända antikroppar.
  • Scanning och bildbearbetning av färgade vävnader.
  • Validering av antikropparnas bindningsspecificitet.
  • Annotering och slutligt godkännande av immunhistokemiskt färgade vävnader.
  • Bedömning av antikropparnas pålitlighet m.h.a. “Enhanced antibody validation”-metodik.
  • Skapande av kunskapsbaserad kartläggning av proteinuttryck för respektive protein.
  • Förbereda data för publicering på Tissue Atlas och Pathology Atlas.

Beskrivning av arbetsflödet:

  1. Formalinfixerade och paraffininbäddade vävnadsprov samlas in från Institutionen för Klinisk Patologi, Akademiska sjukhuset, Uppsala. Vävnadsproven används sedan för produktion av vävnadmikromatriser (TMA:er) samt till proteinextraktion för Western blot-analys. I tillägg till standardtyper av TMA:er, skapas även andra typer av vävnadspreparat för utökat kartläggning av vissa proteiner. 

  2. Immunohistokemi genomförs enligt standardmetodik, vilket innefattar test av antikroppar på TMA:er och eventuella vävnadshelsnitt för att kartlägga proteinuttryck. All metodik följer strikta riktlinjer och innefattar kvalitetskontrollsteg. Optimal antikroppskoncentration samt bindingsspecificitet utvärderas genom att jämföra det immunhistokemiska färgningsmönstret med RNA-data och relevant extern forskningslitteratur. Efter att en antikropp godkänts och dess immunhistokemiska färgningsprotokoll bestämts, appliceras den på 8 standardtyper av TMA:er samt eventuella extravävnader.

  3. Godkända färgningar scannas med 20x objektiv för att generera högupplösta digitala bilder. 

  4. Bilderna importeras till Human Protein Atlas egen programvara, där de annoteras manuellt, följt av ett steg av kurering (annoteringskontroll) av en oberoende sekundär observatör.

  5. Efter annotering och kurering, utvärderas kartläggningen av proteinuttryck vidare. De godkända antikropparna ges då ett pålitlighetsvärde (reliability score) och en kunskapsbaserad kartläggning av proteinuttryck skapas baserat på samtliga antikroppars färgningsmönster för respektive proteinkodande gen samt RNA-data och övrig forskningslitteratur. Kartläggningen publiceras sedan i nästkommande version av The Human Protein Atlas hemsida (www.proteinatlas.org).
     

Klinisk Patologi

Verksamhetsansvarig: Prof Fredrik Pontén

Personal:
Neda Hekmati (forskningsingenjör)

Arbetsuppgifter:

  • Utveckla strategier för att identifiera potentiella biomarkörer baserat på Human Protein Atlas databas och andra initiativ.
  • Validera proteiners funktion som kliniska biomarkörer för sjukdomar.
  • Medverka i kliniska studier och samla tumörvävnadsprov och klinisk data för att producera specifika cancer-TMA:er med sammankopplat klinisk data.
  • Genomföra statistiska analyser och validera klinisk nytta hos identifierade biomarkörer.

Beskrivning av arbetsflödet:

HPA:s databas utforskas aktivt i jakt på potentiella biomarkörer, med målet att identifiera proteinuttrycksmönster som kan ha fysiologisk eller medicinsk relevans. Projekten behandlar olika typer av sjukdomar, med ett huvudfokus på cancersjukdomar, och genomförs både internt och i samarbete med externa grupper. De flesta projekten har som mål att identifiera och validera biomarkörskandidater som kan fylla nuvarande behov inom sjukvården, relaterat till prognostik, diagnostik och utvärdering av behandlingseffektivitet. 

I projektens inledande fas, definieras patientgrupper för olika cancertyper och tumörvävnad samlas in med tillhörande klinisk patientdata. Skräddarsydda cancer-TMA:er tillverkas med insamlad cancervävnad och används sedan i specialanalyser av proteinuttrycksmönster för att validera proteinkandidaters funktionalitet som biomarkörer.

Läs mer:

Tillbaka till huvudsidan